Especies como el picaflor de Juan Fernández (Sephanoides fernandensis), el cachudito de Juan Fernández (Anairetes fernandezianus), el rayadito de Más Afuera (Aphrastura masafuerae), y el petrel o fardela blanca de Juan Fernández (Pterodroma externa) son parte de las 15 aves nativas nidificantes -seis marinas y nueve terrestres- de estas islas.

En los alrededores de San Juan Bautista se puede ver y fotografiar la mayoría ellas en el sector de la Plazoleta El Yunque, Mirador Salsipuedes, Fardelario y en salidas de avistamiento en bote.